1. 應派員檢查之事業單位：
   (1)據悉明顯而立即發生危險之虞者。
   (2)發生重大職業災害者。
   (3)經陳請、申訴、檢舉勞動條件安全衛生就業服務及其他不符法令規定者與職業衛生有關者。
   (4)工作場所申請審查或檢查者（從事農藥製造工作場所；製造、處置、使用指定有害物之數量達中央主管機關規定數量之工作場所）。
   (5)行政院勞工委員會勞工保險局登錄有案領取職業災害殘廢、死亡給付之事業單位。
   (6)其他基於中央主管機關政策需要之檢查者。
2. 職業衛生檢查：
   執行有機溶劑作業、特定化學物質作業、粉塵作業、鉛作業、噪音作業及侷限空間作業等特殊作業環境檢查。
3. 專案檢查：
   依各專案特性以少數關鍵性安全衛生設施為檢查重點。
   (1)製造、處置、使用易漏洩氯、氨工廠之公共安全方案專案檢查。
   (2)製造、處置、使用第一種、第二種有機溶劑作業專案查。
   (3)製造、處置、使用易漏洩特定化學物質作業專案檢查。
   (4)大量散佈含游離二氧化矽粉塵作業專案檢查。
   (5)鉛作業專案檢查。
   (6)噪音作業安全衛生專案檢查。
   (7)侷限空間作業安全衛生專案檢查。
4. 優先選列檢查之事業單位：
   (1)曾發生職業病事故之事業單位。
   (2)曾發生重大職業災害或經陳情、申訴、檢舉有具體事實者之事業單位。
   (3)上年度實施職業衛生檢查有重大缺失之事業單位。
   (4)勞工特殊健康檢查異常比例比較高之事業單位。
   (5)經陳情、申訴、檢舉違反勞工安全衛生法令之事業單位。
   (6)縣市政府移送之違章工廠。
   (7)其他政府機關移送有重大違反勞工安全衛生法令之事業單位。
   (8)其他經本所認有必要者。
5. 檢查重點：
   (1)勞工就業場所之設備、原料、材料、化學物品、氣體、蒸氣、粉塵等有危害勞工之虞，未有符合標準之必要安全衛生設備或必要之措施者【勞工安全衛生法第五條】。
   (2)對於經中央主管機關指定之作業場所未依規定實施作業環境測定；對危險物及有害物未予標示並註明必要之安全衛生注意事項【勞工安全衛生法第七條第一項】。
   (3)工作場所有立即發生危險之虞時，雇主或工作場所負責人未即令停止作業，並使勞工退至安全處所者【勞工安全衛生法第十條】。 (4)從事特別危害健康之作業勞工，未定其施行健康檢查；未建立健康檢查手冊、檢查紀錄未保存、未由規定之醫師檢查、未負擔健康檢查費用者【勞工安全衛生法第十二條第一項、第二項】。
   (5)未依規定實施安全衛生管理、未設置勞工安全衛生組織人員、未訂定自動檢查計畫、未實施自動檢查者【勞工安全衛生法第十四條】。
   (6)未對勞工施以從事工作及預防災變所必要之安全衛生教育、訓練者【勞工安全衛生法第二十三條第一項】。
   (7) 未依規定訂定適合需要之安全衛生工作守則，報經本所備查後公告實施者【勞工安全衛生法第二十五條第一項】。

內職業衛生組對於事業單位違反勞工法令之處理，通常依情節不同，採取下列處理方式：

1. 全部停工：
   勞工工作場所或機械設備等有發生職業災害之虞，或已發生了職業災害，檢查機構淂通知事業單位予以全部停工，以免造災害或導致更嚴重之災害。
2. 局部停工：
   事業單位違反勞工安全衛生法令之條件，經通知限期改善而不如期改善或已發生職業災害或有發生職業災害之虞時，檢查機構淂通知事業單位予以局部停工。
3. 限期改善：
   除上述情況違反勞工安全衛生條件者之全部停工或局部停工外，事業單位違反一般勞工安全衛生設施不良，通知其限期改善。
4. 罰鍰：
   事業單位違反一般勞工安全衛生設施不良，經通知限期改善而不如期改善者，其應移送縣市主管機關罰鍰處分。
5. 移送司法機關處理：
   事業單位違反勞工安全衛生設施不良，情節嚴重，應屬科處行政刑罰者，移送司法機關處理。